El primer Claustro Universitario de Colombia, la Universidad Santo Tomás, fue fundada por la Orden de predicadores (padres Dominicos) el 13 de junio de 1580.

En 1608 se fundó el Colegio Santo Tomás y posteriormente se fusionó con la Universidad de Estudios Generales. Nació así el Colegio-Universidad Santo Tomás que posteriormente se llamaría Universidad Tomística.

Durante casi tres siglos de esta Universidad constituyó una fuente inagotable de pensamiento y cultura que formó a numerosas generaciones de neogranadinos. Entre los graduados destacados se encuentran los nombres de Andrés Rosillo ( con estudios en filosofía, teología y cánones); Camilo Torres, autor celebre “Memorial de Agravios”, Francisco José de Caldas ( graduado en cánones), Francisco de Paula Santander ( en filosofía y leyes) y Atanasio Girardot ( en cánones)

Se restauró en Santafé de Bogotá el día 7 de marzo de 1965 por la provincia de San Luis Beltrán de Colombia, de la Orden de predicadores, con el nombre de Universidad Santo Tomás de Colombia, con personería jurídica mediante resolución No. 3645 del 6 de agosto de 1965.

Con el  ánimo de expandir la misión institucional de formar profesionales éticos, creativos la Universidad Santo Tomás creó en 1973, la Seccional de Bucaramanga, que cuenta con un alto reconocimiento en la región  nororiental del país. En  1975 la Universidad Santo Tomas  fue una de las pioneras en ofrecer programas con la modalidad de educación a distancia, con la cual se han formado un alto número de profesionales de diferentes regiones del país, luego se instauró en la Capital Boyacense el 3 de marzo de 1996, dado que en Boyacá la Comunidad Dominicana ha mantenido una brillante tradición educativa y cultural; al año siguiente se estableció en Medellín y en el año 2007 comenzó la oferta de programas presenciales en Villavicencio.